طبق متن کتیبۀ سردر مدرسه، این بنا را محمدابراهیم ظهیرالدوله دبیر دربار در تاریخ ۱۱۲۶ قمری در عهد شاه سلطان حسین صفوی (۱۱۳۵-۱۰۷۹ق)، احداث کرد. قبلاً در متن معرفی کتیبهٔ شاه عباس در مسجدجامع اردوباد، اشاره شد اردوباد تا مدتی پیش قصبه کوچکی بیش نبود اما شعرا، هنرمندان و سیاستمداران بسیاری از این آبادی برخاسته‌اند. دو تن از صدراعظم‌های ایران در دورهٔ صفوی؛ میرزا حاتم بیگ نصیری اردوبادی صدراعظم شاه عباس و فرزندش میرزا طالب خان نصیری اردوبادی صدراعظم شاه عباس و شاه صفی از این قصبه بوده‌اند.
متاسفانه بخش‌هایی از کتیبهٔ زیبای سردر مدرسه آسیب دیده است اما استاد رسول جعفریان به نقل از تذکرۀ میرزا معینا، متن کامل کتیبه را این‌گونه آورده است:

بعهدت ای سلطان حسین عدل آیین
که چرخ پیر چو او خسروی ندارد یاد
شهی که سلّم ایوان رفعت و قدرش
کشیده خط بدلیل تباهی ابعاد
بلند مرتبه مجلس نویس عالیجاه
که گیرد از رقم او دبیر عقل ارشاد
ظهیر دولت شاهی محمد ابراهیم
که در فضایل علم و عمل بود اوستاد
بنای مدرسه فکر عالیش افراشت
برای مجمع اهل کمال استعداد
به قصد خالی ز اغراض و اعتقاد درست
که نشر علم شود در سواد اردوباد
برای ضابط سال این بنای متین
رفیع گفت: مکان کمال و فضل آباد ۱۱۲۶